Margaret (Nell Tiger Free), eine junge Frau aus einem US-Waisenhaus, begleitet im Jahr 1971 den Kardinal Lawrence (Bill Nighy) nach Rom, um dort ihr Nonnengelübde abzulegen. Ihre Reise führt sie in eine Welt der Umbrüche, geprägt von Studentenprotesten und gesellschaftlichen Veränderungen. Doch bevor Margaret sich ganz dem Klosterleben widmet, lässt sie sich von ihrer lebenslustigen Mit-Anwärterin Luz (Maria Caballero) zu einem unvergesslichen Abend verführen, der sie mit neuen Perspektiven konfrontiert. In ihrem Job in einem katholischen Kinderheim wird Margaret auf ein verstörtes Mädchen aufmerksam, das von den anderen Nonnen offenbar misshandelt wird. Gleichzeitig begegnet sie einem exkommunizierten Priester, der sie auf verstörende Vorgänge hinter den Klostermauern aufmerksam macht. Zunächst skeptisch, beginnt Margaret eigene Nachforschungen anzustellen. Dabei entdeckt sie Hinweise auf unheimliche Vorkommnisse, die mit mysteriösen Teufelsmalen und Kindern, die am 6. Tag des 6. Monats geboren wurden, zusammenhängen. Mit Luz an ihrer Seite begibt sich Margaret auf eine Reise der Selbstfindung und der Suche nach der Wahrheit, die sie tief in die dunklen Geheimnisse der Kirche führt.